いろいろ新しくなったついでにOSのバージョンも上げたら apache が動かなくなった（笑）。
どうも，pthread が非互換らしい。再コンパイルで解決。
…なんだけれど，perl だけ何度再コンパイルしても libpthread.so.0 をリンクした状態になる。（libpthread.so.1 だけリンクしてほしい）
ちゃんと調べていないけれど，どうも既にインストールされている /usr/pkg/lib/perl5/5.10.0/x86_64-netbsd-thread-multi/CORE/libperl.so の参照先に引っ張られている模様。インストールしてある状態で再コンパイルせずに，pkg_deleteした後に再コンパイルしたらうまくいった。
このへんの関係なのかな？
cc -Wl,-R/usr/pkg/lib --whole-archive -shared -L/usr/pkg/lib なんたら.o
-o ../../../lib/auto/なんたら/なんたら.so -L../../..
-Wl,-R/usr/pkg/lib/perl5/5.10.0/x86_64-netbsd-thread-multi/CORE
-Wl,-R../../../lib/CORE -lperl